Obszary należące obecnie do gminy Dubeninki nie były zasiedlone aż do końca epoki brązu (VII w p.n.e.). Pierwsze ślady osadnictwa pojawiły się dopiero w II i III w n.e., kiedy to rozpoczął się proces kształtowania plemion zachodniobałtyckich. Tereny te zamieszkiwali Jaćwingowie, którzy pozostawili po sobie ślady w postaci cmentarzysk ciałopalnych w Maciejowiętach i Żytkiejmach oraz grodzisk w Pobłędziu. Brak scentralizowanej władzy przyczynił się do szybkiego upadku wspólnoty Jaćwingów pod naporem państw ościennych: Polski, Rusi i Zakonu Krzyżackiego. W XIII wieku, w wyniku podbojów krzyżackich, Jaćwingowie praktycznie przestali istnieć. Od 1422 roku, kiedy to podpisano pokój melneński i ustalono granicę pomiędzy Litwą a Zakonem, aż do II wojny światowej tereny należące do Dubeninek znajdowały się w granicach państwa zakonnego, następnie Prus Książęcych i Wschodnich.
Właściwa kolonizacja tych ziem rozpoczęła się dopiero za czasów Albrechta Hohenzollerna, tzn. po przekształceniu państwa zakonnego w Prusy Książęce (1525 rok). Osadnikami byli głównie mieszkańcy Mazowsza, Litwy i Żmudzi. W latach 1531-1570 powstawało 9 osad ( m.in. Żytkiejmy, Bludzie, Linowo, Żabojady, Rogajny, Błąkały, Będziszewo, Budwiecie, Kiepojcie) i 1 majątek (Kociołek).
Wieś Dubeninki (Dubeningken, Dubeningen, Dubniki) założył w 1615 roku Krzysztof Gordecki. Od jego nazwiska pochodzi pierwsza nazwa Dubeninek - Gordejki. Miejscowość została spalona przez Tatarów hetmana Gosiewskiego w 1657 roku.
Dawniej Dubeninki zamieszkiwała ludność wyznania ewangelickiego. Protestanci kilka razy budowali tu kościół. Pierwszy w 1620 r., drugi raz w roku 1683 z drewna, trzeci raz w 1743 z kamienia. Wieża tego kościoła była drewniana, którą rozebrano w roku 1812. Kościół odniósł wielkie szkody wskutek orkanu w roku 1818 i dlatego w 1822 przystąpiono po raz czwarty do budowy nowego kościoła, który odrestaurowano i nieco przebudowano w 1879 r. W tym samym roku postawiono wieżę na fundamentach poprzedniej.
W centrum wsi stoi kościół neogotycki, wybudowany w 1903 r. Po II wojnie światowej, gdy osiedliła się tu ludność katolicka, utworzono parafię katolicką w Dubeninkach z filią z Żytkiejmach. Poświęcony kościół w roku 1946 otrzymał tytuł św. Andrzeja Boboli oraz św. Apostołów Piotra i Pawła. Początkowo opiekę duszpasterską nad wiernymi sprawowali kapłani dojeżdżajacy z parafii Przerośl. W roku 1952, gdy parafia została kanonicznie erygowana, wierni otrzymali stałego duszpasterza i podjęli troskę o zniszczony kościół parafialny.
W centrum znajdują się dwa domy z przełomu XIX i XX wieku. Na zachodnim skraju wsi na wzgórzu, w kępie starych drzew znajduje się cmentarz żołnierzy niemieckich i rosyjskich z 1914 roku, oryginalnie zaprojektowany i odnowiony w latach 1992-1994.
Pochowano tu 42 żołnierzy niemieckich i 113 rosyjskich. Śmierć poległych upamiętnia tablica w języku niemieckim: Dubeninki 1914-1918. Diese tapferen fielen in den kampfen um die grenze von Ostpreussen Wirbalen - Grajewo 1914 (Ci odważni żołnierze walczyli o granice Prus Wschodnich pod Grajewem i Wierzbowem w 1914 r).
Powierzchnia Gminy Dubeninki: 205,18 km2.
Ludność: teren gminy zamieszkuje 3503 osób.
Przyroda
Gmina Dubeninki położona jest wśród wzgórz, jezior oraz Puszczy Rominckiej, która zajmuje około 30% powierzchni gminy. Na północy rozciąga się pas lasów wchodzący w skład Parku Krajobrazowego Puszczy Rominckiej o obszarze 8.312 ha.
Najbogatsze walory przyrodnicze Puszczy:
"Puszczańskie rozlewiska"
rezerwat Boczki - o powierzchni 108,8 ha chroniący zbiorowiska leśne (grądy);
rezerwat Czerwona Struga - las łęgowy w dolinie strumienia o pow. 3,6 ha;
rezerwat Dziki Kąt - obejmuje fragment naturalnego boru sosnowo- świerkowego ze 140-160 letnimi drzewostanami o powierzchni 34 ha;
rezerwat Struga Żytkiejmska - obejmujący bagienne lasy w dolinie rzeki, o powierzchni 467 ha.
rezerwat Uroczysko Kramnik o powierzchni 75 ha chroni środowisko torfowiska wysokiego, a szczególnie malinę maroszkę.
Tereny te obfitują w czyste i chłodne, opanowane przez bobry rzeczki. Puszczańskie strumienie są zasiedlone przez wiele cennych gatunków ryb, w tym pstrągi. W wielu zagłębieniach pojeziernych utworzyły się torfowiska, porośnięte m.in. przez bagnicę torfową, żurawinę drobnolistną oraz bażynę czarną. Wyżej położone kępy torfowisk porośnięte przez pojedyncze sosny i brzozy, które nie przekraczając 10 m wysokości liczą sobie ponad 100 lat. Przeważającymi zespołami leśnymi są bory świerkowe i subborealne zbiorowiska leszczynowo - świerkowe, sosnowo-świerkowe oraz łęgi olchowe.
Do osobliwości botanicznych Puszczy można także zaliczyć szczwoligorza pochwiastego, znanego tylko z północno wschodnich krańców Polski i Karpat oraz turzycę patagońską, występującą jedynie na Pojezierzu Mazurskim i w Sudetach. Na uwagę zasługują również: brzoza niska, malina moroszka oraz wierzba borówko listna - gatunki subarktyczne, będące tu reliktami polodowcowymi. W cienistych lasach olchowych tak rzadkie gatunki jak: manna litewska, lilia złotogłów, a także pióropusznik strusi - dorodny gatunek paproci podlegający ochronie.
Bardzo bogata i interesująca jest też fauna Puszczy Rominckiej. Spośród bezkręgowców na uwagę zasługują niepylak mnemozyna, niestrzęp głogowiec oraz chrząszcz wynurt - gatunek eurosyberyjski. Poza bogactwem owadów licznie reprezentowana jest ornitofauna. Ze świata ptaków (ponad 128 gatunków), najciekawsze to: dzięcioł zielonosiwy, dzięcioł białogrzbietowy, orlik krzykliwy, trzmielojad, rybołów, żuraw i bocian czarny. Bardzo licznie występują tu również ssaki: łosie, jelenie, sarny, dziki, jenoty, wilki, rysie i wydry. Bardzo dobre warunki do rozwoju znalazła tutaj liczna populacja bobra europejskiego.
Środowisko bogate w zbiorniki wodne sprzyja występowaniu płazów. Spotyka się tu m.in.
- traszkę grzebieniastą,
- grzebiuszkę ziemną,
- kumaka nizinnego,
- ropuchę szarą.
Na terenie gminy znajduje się 17 jezior polodowcowych, które zajmują obszar 428 hektarów.
Do największych należą: J.Czarne (183 ha), J. Przerośl (73,25 ha), J.Pobłędzie (67 ha), J.Tobellus (4,09 ha), J. Niskie (14,18 ha), J. Wysokie (10,50 ha).
Przepływają tędy rzeka Błędzianka, Bludzia, Czerwona Struga, Struga Żytkiejmska (wszystkie należą do dorzecza Pregoły).